5月16日，首届海峡论坛活动内容之一的两岸海上直航圆桌会议在福建省厦门市召开。会议期间，交通运输部发布了进一步促进两岸海上直航的九项政策措施。交通运输部副部长徐祖远、福建省副省长张志南以及来自两岸的近150位航运界代表参加了会议。 
　　这九项政策措施具体如下： 
　　增设5个直航港口(港区)。大陆方面增加铜陵港、石岛港、莱州港、台州港大麦屿港区、宁波–舟山港沈家门港区5个直航港口(港区)。至此，大陆方面共有68个港口(港区)为两岸海运直航港口(港区)。 
　　宏观调控直航运力。根据《海峡两岸海运协议》确定的“平等参与、有序竞争，根据市场需求，合理安排运力”原则，为避免运力盲目增长，导致恶性竞争，将根据市场供求关系，以集装箱班轮、客船和散装液货船为重点进行运力宏观调控。 
　　便利两岸砂石运输。为两岸砂石贸易提供运输便利，更好地满足台湾方面砂石运输需求，促进两岸经贸发展，不再对天然砂运输船实行单独发证，将天然砂运输船的业务范围统一调整为“砂石运输”，同时，加强对老旧船舶的安全检查，保障安全。 
　　台湾直航航运公司享免税优惠。自2008年12月15日起，大陆对台湾航运公司从事海峡两岸海上直航业务在大陆取得的运输收入和所得，免征营业税和企业所得税。 
　　鼓励互设机构。大陆方面已就落实《海峡两岸海运协议》确定的互设机构做好了安排，欢迎台湾航运公司在大陆投资设立经营性机构，大陆相关部门将积极提供协助和便利。同时，大陆方面支持两岸验船机构开展合作交流，积极促成互在对方设立办事处；在设立办事处前，为验船人员来往两岸开展业务提供便利，及时执行检验和处理紧急事务。 
　　允许两岸登记的非运输两岸间贸易货物的船舶，从两岸港口或第三地港口进入对方港口。挂旗方式按照《海峡两岸海运协议》规定的船舶识别方式执行。如上述船舶运送两岸之间的贸易货物或中转货物，应按照两岸主管部门对直航船舶的管理规定办理。 
　　支持非商业运输船舶往来。对两岸资本的非商业运输船舶(如航海教学实习船、海洋科学考察船、工程船等)进入对方港口，按照《海峡两岸海运协议》确定的精神，予以支持，按个案方式予以审批。 
　　加强《海峡两岸海运协议》联系实施机制。大陆方面的海峡两岸航运交流协会将进一步加强与台湾方面相应机构的联系，为两岸相关主管部门指定人员提供便利的联络渠道和服务，及时协调处理《海峡两岸海运协议》实施中的相关事务。 
　　推动海上安全合作。大陆方面继续推动两岸海上安全等方面的交流和合作，加强对口磋商，共同保障海上人命、环境和航行安全，并尽快协商编制两岸直航船舶共同技术标准。 
　　交通运输部副部长徐祖远指出，目前，两岸海上直航需要进一步研究建立两岸相关主管部门指定人员间的沟通、协调机制，以便迅速、有效地解决在两岸海上直航过程中遇到的新情况、新问题，保障两岸海上直航健康、有序发展。他强调，安全是两岸相关主管部门共同关心的问题，两岸验船机构有必要尽快联合制定直航船舶的共同标准，从技术上把好船舶准入关；两岸海事部门和海上搜救部门应加强合作，加大船舶安全监管力度，扩大和深化已有的海上搜救合作。 
　　福建省副省长张志南表示，自海峡两岸基本实现“大三通”以来，福建省沿海8个一类开放口岸已全面对台开放。今后，福建省将以“一流设施、一流服务、一流品牌”加快推进“大三通”，把福建发展成为两岸人民交流往来的综合枢纽和主要通道。 
　　台湾海峡两岸航运协会董事长、长荣海运公司董事长王龙雄表示，两岸海上直航开通以后，给相关产业带来了巨大商机。面对国际金融危机，两岸经贸合作比以往任何时候都更加重要与迫切。 
　　会议还围绕全面贯彻落实《海峡两岸海运协议》，扩大两岸在海运领域的交流与合作，共同应对金融危机，实现互惠共赢，以及加快海峡西岸经济区建设，加强闽台港口、航运及物流合作等问题进行了广泛的沟通和交流。